Mit dem zweiten Teil der "Clock Tower"-Serie wird ein neuer Hauptcharakter namens Alyssa eingeführt, ein Teenager-Mädchen, welches über eine gespaltene Persönlichkeit verfügt. Während sie von Zombies, einem Psychopaten und einem Mädchen mit einem Küchenmesser verfolgt wird, muss sie das Geheimnis um ihre Familie lüften.
"Clock Tower 2: The struggle within" orientiert sich gameplaytechnisch am ersten Teil der Serie, wird aber mithilfe von Polygongrafik statt mit Sprites dargestellt. Neben den technischen Aspekten hat auch die Gewalt und die Darstellung von verstörenden Bildern zugelegt. Trotzdem gilt der zweite Teil bei den Fans als der schlechteste aus der Serie.